يتم هيكلة الحوكمة في مركز 4C المغرب حول هيئات استراتيجية وتشغيلية تهدف إلى ضمان إدارة فعالة وشفافة وتعاونية. وتعتمد على جمعية عامة تحدد السياسة العامة وتوافق على خطط العمل، ومجلس إدارة يشرف على تنفيذ الاستراتيجيات، ولجنة توجيه استراتيجية (C.O.S.) مسؤولة عن تقديم المشورة بشأن التوجهات الكبرى، ومدير يتولى التنسيق وتنفيذ القرارات.
بالإضافة إلى ذلك، يعتمد مركز 4C المغرب نهجًا جماعيًا، يتم تقسيمه إلى أربعة كليات موضوعية – القطاع العام، القطاع الخاص، المجتمع المدني، والبحث/التكوين/الخبرة – مما يسمح بتعبئة المهارات وضمان تمثيل متوازن للأطراف المعنية. يعزز هذا النموذج للحكم التعاون بين القطاعات، والشبكات، ودمج مساهمات أعضائه لمواجهة التحديات المتعلقة بتغير المناخ بشكل جماعي ومتناسق.